Si le Secrétariat est responsable de la gestion courante de la Fédération, ce sont les organes directeurs qui prennent les décisions relatives à son orientation et à sa politique. Ce sont eux qui définissent le cadre de la mission même de la Fédération, de ses politiques, de ses buts et de ses programmes, et qui fournissent des dispositifs pour en assurer le contrôle et le respect.

L'Assemblée générale est l'organe suprême de décision de la Fédération. Elle se réunit tous les deux ans et se compose des représentants de toutes les Sociétés nationales membres. Sa dernière réunion a eu lieu à Genève, Suisse, novembre 2007.

Entre les assemblées générales, le Conseil de direction, qui se réunit deux fois par an, est habilité à prendre certaines décisions. Il comprend le Président et les Vice-Présidents de la Fédération, les représentants des Sociétés membres élues et le Président de la Commission des finances. Quatre autres commissions traitent respectivement de la santé et des services communautaires, de la jeunesse, de la préparation aux catastrophes et des secours, et du développement.

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L'Assemblée générale nomme le Secrétaire général, qui est le plus haut fonctionnaire de la Fédération et qui dirige le Secrétariat et ses délégations.

Pour de plus amples renseignements sur les activités de gouvernance, se reporter au Rapport annuel de la Fédération.